From 89a05e191f7b559d35666f4b1e27a5fc2866d7c7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Edgar P. Burkhart" Date: Wed, 6 Jul 2022 09:32:20 +0200 Subject: [PATCH 1/6] Update README, sws_ola --- olaflow/README.md | 22 ++++++++++ olaflow/processing/post.py | 90 -------------------------------------- olaflow/processing/snap.py | 79 --------------------------------- 3 files changed, 22 insertions(+), 169 deletions(-) delete mode 100644 olaflow/processing/post.py delete mode 100644 olaflow/processing/snap.py diff --git a/olaflow/README.md b/olaflow/README.md index a76ba46..9f4ad32 100644 --- a/olaflow/README.md +++ b/olaflow/README.md @@ -67,3 +67,25 @@ d'enregistrer cet objet pour une utilisation efficace avec Python. * `-i INPUT` : dossier de sortie d'Olaflow * `-o OUTPUT` : dossier de sortie à utiliser * `-z` : activer la compression gzip (déconseillé) + +### STL + +`stl.py` définit une fonction permettant de convertir un tableau de bathymétrie en fichier STL. Nécessite Openscad. + +### SWS Olaflow + +`sws_ola.py` permet de convertir les données de sortie d'un modèle Swash en données d'entrée d'un modèle Olaflow. + +```python -m processing.sws_ola -o OUTPUT [-c CONFIG]``` + +* `-o OUTPUT` : dossier de sortie à utiliser +* `-c CONFIG` : choix d'un fichier de configuration + +``` +[swash] +np_out : dossier de sortie swash + +[olaflow] +t0 : instant initial du modèle Olaflow +level : niveau d'eau dans SWASH +``` diff --git a/olaflow/processing/post.py b/olaflow/processing/post.py deleted file mode 100644 index 36e4078..0000000 --- a/olaflow/processing/post.py +++ /dev/null @@ -1,90 +0,0 @@ -import argparse -import configparser -import gzip -from itertools import starmap -import logging -import multiprocessing as mp -import pathlib -import pickle - -from cycler import cycler -import matplotlib.pyplot as plt -import matplotlib.gridspec as gridspec -import numpy as np -from scipy import interpolate - -from .olaflow import OFModel - -parser = argparse.ArgumentParser(description="Post-process olaflow results") -parser.add_argument("-v", "--verbose", action="count", default=0) -parser.add_argument("-c", "--config", default="config.ini") -args = parser.parse_args() - -logging.basicConfig(level=max((10, 20 - 10 * args.verbose))) -log = logging.getLogger("ola_post") - -log.info("Animating olaFlow output") -config = configparser.ConfigParser() -config.read(args.config) -out = pathlib.Path(config.get("post", "out")) -out.mkdir(parents=True, exist_ok=True) - -with ( - path.open("rb") - if (path := out.joinpath("pickle")).exists() - else gzip.open(path.with_suffix(".gz"), "rb") -) as f: - model = pickle.load(f) - -x0_conf = config.getfloat("post", "x") -x0_val = model.x[np.argmin(np.abs(model.x - x0_conf))] -# z0 = config.getfloat("post", "z") -# z0 = np.linspace(-5, 5, 16) -c0_ = ((model.x == x0_val)[None, :] & (model.fields["alpha.water"] > 0.95)).any(axis=0) -c0 = model.coords[c0_][:: (c0_.sum() // 8 + 1)] - -i0 = np.argmin( - np.linalg.norm(model.coords[..., None] - c0.T[None, ...], axis=1), - axis=0, -) - -aw = model.fields["alpha.water"][:, i0] - -U = np.where(aw > 0.95, np.linalg.norm(model.fields["U"][..., i0], axis=1), np.nan) -P = np.where(aw > 0.95, model.fields["p"][..., i0], np.nan) -P_rgh = np.where(aw > 0.95, model.fields["p_rgh"][..., i0], np.nan) - -with plt.rc_context( - { - "axes.prop_cycle": cycler( - color=np.linspace(0, 1, i0.size + 1)[:-1].astype("U") - ), - "axes.grid": True, - "axes.xmargin": 0, - } -): - fig, ax = plt.subplots(3, constrained_layout=True) - ax1, ax2, ax3 = ax - - ha = ax1.plot(model.t, U, lw=1) - ax1.set(xlabel="t (s)", ylabel="U (m/s)") - - ax2.plot(model.t, P * 1e-3, lw=1) - ax2.set(xlabel="t (s)", ylabel="P (kPa)") - - ax3.plot(model.t, P_rgh * 1e-3, lw=1) - ax3.set(xlabel="t (s)", ylabel="P_rgh (kPa)") - - for a in ax: - a.set(ylim=0) - - ax2.legend( - ha, - list( - starmap(lambda x, z: f"x={x:8}m; z={z:8}m", zip(model.x[i0], model.z[i0])) - ), - bbox_to_anchor=(1.05, 0.5), - loc="center left", - ) - - fig.savefig(out.joinpath("fig.pdf")) diff --git a/olaflow/processing/snap.py b/olaflow/processing/snap.py deleted file mode 100644 index 5628eed..0000000 --- a/olaflow/processing/snap.py +++ /dev/null @@ -1,79 +0,0 @@ -import argparse -import gzip -import logging -import multiprocessing as mp -import pathlib -import pickle - -import matplotlib.pyplot as plt -import matplotlib.animation as animation -from matplotlib.gridspec import GridSpec -from matplotlib.ticker import MultipleLocator -import numpy as np -from scipy import interpolate - -from .olaflow import OFModel - -parser = argparse.ArgumentParser(description="Post-process olaflow results") -parser.add_argument("-v", "--verbose", action="count", default=0) -parser.add_argument( - "-o", - "--output", - type=pathlib.Path, - help="Output directory for pickled data", - required=True, -) -parser.add_argument( - "-m", - "--max", - help="Only compute maximum rather than animation", - action="store_true", -) -parser.add_argument( - "-i", - "--initial", - help="Only compute initial domain", - action="store_true", -) -args = parser.parse_args() - -logging.basicConfig(level=max((10, 20 - 10 * args.verbose))) -log = logging.getLogger("ola_post") - -log.info("Animating olaFlow output") -out = args.output -out.mkdir(parents=True, exist_ok=True) - -with ( - path.open("rb") - if (path := out.joinpath("pickle")).exists() - else gzip.open(path.with_suffix(".gz"), "rb") -) as f: - model = pickle.load(f) - -x0, idx0 = np.unique(model.x.astype(np.half), return_inverse=True) -z0, idz0 = np.unique(model.z.astype(np.half), return_inverse=True) - -ix0 = np.argsort(x0) -iz0 = np.argsort(z0)[::-1] - -X, Z = np.meshgrid(x0, z0) - -P = np.full((model.t.size, *X.shape), np.nan) -P[:, iz0[idz0], ix0[idx0]] = model.fields["porosity"] - -AW = np.full((model.t.size, *X.shape), np.nan) -AW[:, iz0[idz0], ix0[idx0]] = model.fields["alpha.water"] - -#U = np.full((model.t.size, *X.shape), np.nan) -#U[:, iz0[idz0], ix0[idx0]] = np.linalg.norm(model.fields["U"], axis=1) - -i0 = np.argmin(np.abs(model.t[:, None] - np.asarray((102, 118, 144.5, 176.5))[None, :]), axis=0) - -fig, ax_ = plt.subplots( - 2, 2, figsize=(15 / 2.54, 4 / 2.54), dpi=200, constrained_layout=True -) -for ax, i in zip(ax_.flatten(), i0): - ax.imshow(AW[i], cmap="Blues", vmin=0, vmax=1) - -fig.savefig(out.joinpath("snap.pdf")) From 8ef9a8446ccc61e7b6f4285930690fdffd5d5cae Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Edgar P. Burkhart" Date: Wed, 6 Jul 2022 09:38:57 +0200 Subject: [PATCH 2/6] Update README, sws_wavedict --- olaflow/README.md | 34 ++++++++++++++++++++++++++++++++-- 1 file changed, 32 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/olaflow/README.md b/olaflow/README.md index 9f4ad32..52ac245 100644 --- a/olaflow/README.md +++ b/olaflow/README.md @@ -74,7 +74,7 @@ d'enregistrer cet objet pour une utilisation efficace avec Python. ### SWS Olaflow -`sws_ola.py` permet de convertir les données de sortie d'un modèle Swash en données d'entrée d'un modèle Olaflow. +`sws_ola.py` permet de convertir les données de sortie d'un modèle Swash en condition initiale d'un modèle Olaflow. ```python -m processing.sws_ola -o OUTPUT [-c CONFIG]``` @@ -85,7 +85,37 @@ d'enregistrer cet objet pour une utilisation efficace avec Python. [swash] np_out : dossier de sortie swash +[bathy] +level : niveau d'eau dans SWASH + [olaflow] t0 : instant initial du modèle Olaflow -level : niveau d'eau dans SWASH +``` + +### SWS Wavedict Irregular + +`sws_wavedict_irregular.py` est une tentative de convertir les données de sortie d'un modèle SWASH en condition limite +irrégulière de spectre d'un modèle Olaflow. Ne fonctionne pas. + +### SWS Wavedict Paddle + +`sws_wavedict_paddle.py` permet de convertir les données de sortie d'un modèle SWASH en condition limite en hauteur +d'eau et vitesse d'un modèle Olaflow. + +```python -m processing.sws_wavedict_paddle -o OUTPUT [-c CONFIG]``` + +* `-o OUTPUT` : dossier de sortie à utiliser +* `-c CONFIG` : choix d'un fichier de configuration + +``` +[swash] +np_out : dossier de sortie swash + +[bathy] +level : niveau d'eau dans SWASH + +[olaflow] +t0 : instant initial du modèle Olaflow +tf : instant final du modèle Olaflow +x0 : position de la limite du modèle Olaflow ``` From e8d925ac48a7d28e73f7776a2f48cf536e36e762 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Edgar P. Burkhart" Date: Wed, 6 Jul 2022 09:54:27 +0200 Subject: [PATCH 3/6] Update README, run_ola --- olaflow/README.md | 10 ++++++++++ 1 file changed, 10 insertions(+) diff --git a/olaflow/README.md b/olaflow/README.md index 52ac245..836959b 100644 --- a/olaflow/README.md +++ b/olaflow/README.md @@ -5,6 +5,16 @@ données. ## Scripts +### Run Olaflow +`run_ola.sh` permet de lancer les scripts Python et openfoam nécessaires au bon lancement du modèle Olaflow. + +```./run_ola.sh CASE``` + +* `CASE` : choix du modèle Olaflow à utiliser + +Le cas de base utilisé est dans le dossier `of`. Les fichiers modifiés sont dans le dossier `of_$CASE`. Les sorties +sont dans `out_of_$CASE` puis `out_post_$CASE`. + ### Animate `animate.py` permet d'obtenir une animation de `alpha.water` et `U` en sortie du modèle Olaflow. From f2dd8d557eceace1f2983d66bd542c3a98b4ae09 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Edgar P. Burkhart" Date: Wed, 6 Jul 2022 10:01:50 +0200 Subject: [PATCH 4/6] Update README, animate --- swash/processing/animate.py | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/swash/processing/animate.py b/swash/processing/animate.py index 33796ce..3fc19a3 100644 --- a/swash/processing/animate.py +++ b/swash/processing/animate.py @@ -20,7 +20,6 @@ config = configparser.ConfigParser() config.read(args.config) inp = pathlib.Path(config.get("post", "inp")) -root = pathlib.Path(config.get("swash", "out")) out = pathlib.Path(config.get("post", "out")) out.mkdir(parents=True, exist_ok=True) From e1588f6bca1ea5ecab8eb575c954c045b775151f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Edgar P. Burkhart" Date: Wed, 6 Jul 2022 10:05:34 +0200 Subject: [PATCH 5/6] Update README, mat_npz --- swash/processing/layers.py | 90 -------------------------------------- 1 file changed, 90 deletions(-) delete mode 100644 swash/processing/layers.py diff --git a/swash/processing/layers.py b/swash/processing/layers.py deleted file mode 100644 index e1554ee..0000000 --- a/swash/processing/layers.py +++ /dev/null @@ -1,90 +0,0 @@ -import argparse -import configparser -import logging -import pathlib - -import matplotlib.animation as animation -import matplotlib.pyplot as plt -import numpy as np - -parser = argparse.ArgumentParser(description="Animate swash output") -parser.add_argument("-v", "--verbose", action="count", default=0) -parser.add_argument("-c", "--config", default="config.ini") -args = parser.parse_args() - -logging.basicConfig(level=max((10, 20 - 10 * args.verbose))) -log = logging.getLogger("post") - -log.info("Starting post-processing") -config = configparser.ConfigParser() -config.read(args.config) - -inp = pathlib.Path(config.get("post", "inp")) -root = pathlib.Path(config.get("swash", "out")) -out = pathlib.Path(config.get("post", "out")) -out.mkdir(parents=True, exist_ok=True) - - -def data(var): - return np.load(inp.joinpath(f"{var}.npy")) - - -x = data("xp") -t = data("tsec") - -watl = data("watl") -botl = data("botl") -zk = data("zk") -velk = data("velk") -vz = data("vz") - -wl = np.maximum(watl, -botl) -# print(x.size, -np.arange(0, 1 * bathy.hstru.size, 1)[::-1].size) - -fig, ax = plt.subplots() -# ax.plot(x, -botl, c="k") -# ax.fill_between( -# x, -botl, -data["botl"] + bathy.hstru, color="k", alpha=0.2 -# ) - -n = 0 -vk = np.sqrt((velk[n] ** 2).sum(axis=1)) -# print(vk.shape) -# plt.imshow(vk) -# plt.colorbar() - -lines = ax.plot(x, zk[n].T, c="#0066cc") -quiv = [] -for i in range(len(lines) - 1): - quiv.append( - ax.quiver( - x[::50], - (zk[n, i, ::50] + zk[n, i + 1, ::50]) / 2, - velk[n, i, 0, ::50], - vz[n, i, ::50], - units="dots", - width=2, - scale=0.05, - ) - ) - -ax.autoscale(True, "w", True) -ax.set_ylim(top=15) - - -def animate(k): - for i, q in enumerate(quiv): - q.set_UVC( - velk[k, i, 0, ::50], - vz[k, i, ::50], - ) - for i, l in enumerate(lines): - l.set_ydata(zk[k, i]) - return *quiv, *lines - - -ani = animation.FuncAnimation( - fig, animate, frames=wl[:, 0].size, interval=20, blit=True -) - -ani.save(out.joinpath("layers.mp4")) From 479230840be322a140a2ab407f49e2131cb32011 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Edgar P. Burkhart" Date: Wed, 6 Jul 2022 10:06:18 +0200 Subject: [PATCH 6/6] Add README SWASH --- swash/README.md | 36 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 36 insertions(+) create mode 100644 swash/README.md diff --git a/swash/README.md b/swash/README.md new file mode 100644 index 0000000..58f9b68 --- /dev/null +++ b/swash/README.md @@ -0,0 +1,36 @@ +# SWASH + +Ce dossier regroupe l'ensemble des scripts nécessaires à l'éxécution du modèle SWASH ainsi qu'au post-traitement des +données. + +## Scripts + +### Animate + +`animate.py` permet d'obtenir une animation des résultats de SWASH. + +```python -m processing.animate [-c CONFIG]``` + +* `-c CONFIG` : choix du fichier de configuration + +``` +[post] +inp : dossier contenant les données d'entrée +out : dossier de sortie +``` + +### Mat Npz + +`mat_npz` permet de convertir les données de sortie de SWASH en données Numpy plus facile à exploiter en Python. + +```python -m processing.mat_npz [-c CONFIG]``` + +* `-c CONFIG` : choix du fichier de configuration + +``` +[swash] +out : dossier de sortie de swash + +[post] +inp : dossier de sortie pour les données numpy +```